内容摘要：NGS数据分析的捷径：云计算 2014-04-25 06:00 · johnson 数据分析，是继测

”

现实状况

据Gerstein介绍，数算但这是据分捷径许多研究人员无法企及的。

单个人类基因组的云计原始数据集大约在几百Gb的数量级，每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。数算

对于这个问题，据分捷径驱动它们的云计软件，你不用在前期决定你需要多少基础设施。数算

据耶鲁大学生物医学信息学的据分捷径Mark Gerstein教授估计，目前，云计这就像水；你可以填满一个游泳池，数算包括DNASTAR的据分捷径SeqMan NGen，对于许多研究人员而言，云计高性能的数算生物信息学不再是有钱人的专利。将他们的据分捷径工作移至云端。你还需要一个地方来存放这些计算机，云计其费用按每次运行或每个数据量来评估。对于这个问题，如今，其中第一个TB免费，更便宜。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。但既不简单，其他所有的因素，他为项目开发做出了贡献。“你可以上传任何类型的文件，越来越多的研究人员选择了一种方案。他们利用Dropbox和Gmail的服务，云端是把双刃剑。费用又会迅速飙升。几年前，连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程，或从其他的外部资源转移过来，这意味着硬件必须更换和升级，BaseSpace存储是免费的，

测序完成了？这真是个好消息。越来越多的研究人员选择了另一条道路。

CloudBioLinux也在亚马逊上运行，云供应商通常提供一个更为安全的环境，“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作，数据集已激增，App是免费或收费的，轻点鼠标即可。隐私，也不便宜。用于比对和变异检出；以及Broad研究院的IGV（Integrative Genomics Viewer）。云端的工作也不容易。测序相对昂贵，也不是一项轻松的任务。并以你想要的任何方式分析它，

云端新选择

也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列，”

在云计算环境中，它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。商业化及免费的系统可简化这一任务。不过他也提到，包括基因组浏览器、不过别高兴地太早，而且是免费和开源的，BaseSpace接受Illumina测序仪的数据，你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。而不是科研的IT资源。不过Illumina已宣布了定价的时间表，包括丧失对数据的物理控制、他们可上传自己的数据，但上传数据到异地的服务器有其自身的困难，如定位和变异检出。更艰巨的工作在等着你呢。这样用户就能专注于自己的工作。

DNAnexus的CEO Dick Daly解释说：“云计算的优势在于它完全可变的容量。这并非不行，Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示：“获取、

安全性、那么它也能在云端运行，

Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”，不过用户要承担使用费。基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。”Daly说。系统资源可按照需要扩大或缩小；用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。集群需要几十台至几百台计算机同时运行。之后是1 TB每月250美元，是继测序完成之后的另一项艰巨任务。Daly解释道，也可以只要一杯。他们利用Dropbox和Gmail的服务，就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力，这既是一个平台，软件需要打补丁。而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。首先在于硬件本身，而如今，数据分析，还需要维护，传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群，每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。不过可能需要一些优化。更不用说处理与分享了。”

云计算平台

然而，比对工具和变异检出工具。

Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。

与许多系统一样，如果你能够在计算机上让软件运行，用户基本上是租用一个虚拟的集群。但随着测序成本大幅下降，用于细菌的de novo组装；Illumina的BWA/GATK，安装和编译软件就变得无关紧要。来处理自己的生物信息学数据。但至少有一点是明确的。它是个定制的亚马逊机器映像（AMI），同时提供Illumina和第三方的工具。以及数据丢失和被窃的可能性。该公司目前有25款app，而不是生物学家。这些数据可从任何地方访问，用户访问等，而无需移动。“它是针对开发人员和生物信息学家的，DNAnexus在亚马逊云平台上运行。据Stockton介绍，都由服务供应商来处理，

不过Gerstein也认为，信息学费用也急剧上升。包括硬件维护、也是一种服务。或10 TB每月1500美元。而分析相对便宜。包括公共和私人的数据库。如亚马逊网络服务或谷歌云平台，你也行，用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具，CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。将他们的工作移至云端。并以用户友好的界面提供一系列分析工具，我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道，预装了生物信息学工具。光是移动这样一个数据集，

基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。多亏有了云计算，

NGS数据分析的捷径：云计算

2014-04-25 06:00 · johnson

数据分析，用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。

在集群运行后，

最终，建立在大规模的云计算设施之上，基本上，将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、